Per molto tempo confuso con Tommaso Seneca da Camerino, Tommaso Pontano fù fra gli eruditi più importanti della prima metà del Quattrocento. Dalla documentazione perugina e da alcune sue lettere, rinvenute nella biblioteca Vaticana e quella Marciana (Zanelli, 1905), risulta lettore di oratoria allo Studium Perusinum tra il 1440 e il 1450. In particolare, figura docente, con uno stipendio di 40 fiorini d'oro(Rossi, 1875; Manzoni, 1898), all'inizio degli anni Quaranta del XV secolo. In tale periodo, fù maestro di Giovanni Battista Caccialupi (d'Amelio, 1972) e collega di illustri maestri di grammatica di quel periodo, come Guido dall'Isola e Iacopo da Cingoli (Bianciardi, 2005). Zio del celebre Gioviano Pontano lo ospitò nel 1442 quando quest'ultimo intraprese il corso di poetica e filosofia all'Università perugina ( Pirri, 1912). Parallelamente alla sua attività accademica , Tommaso ebbe anche un ruolo primario nella vita pubblica di Perugia. Grazie alla raccomandazione espressa dal nuovo papa, Eugenio IV, ai legati perugini, tra cui l'illustre maestro Angelo Perigli, inviati dal Comune per rallegrarsi della sua nomina (Manzoni, 1898), fù cancelliere del comune dal 1440 al 1450 e risulta partecipante ad una ambasceria presso Assisi guidata da Giovanni Montesperelli per incontrare papa Nicolò V nel 1449 ( Pirri, 1912). Morì a Perugia nell'estate del 1450, un anno prima della conclusione del suo secondo mandato (Manzoni, 1898). In Ermini (1971) pp. 598-599.