Nonostante la decadenza e la perdita di autonomia dei suoi ordinamenti di governo (Magistrati dei Savi e Università dei Scolari in primis, causate dai cambiamenti socio-politici conosciuti dalla città tra il XV e XVI secolo, l'Università di Perugia visse nel Cinquecento una nuova fase di rigogliosa e originale operosità scientifica simboleggiata dal trasferimento della sede nel sontuoso palazzo del "Sopramuro". L'a., nel sottolineare questa poco nota posizione di primo piano che l'Ateneo assunse in quei decenni, mette in luce, in particolare, il periodo florido conosciuto dalle discipline letterarie grazie ad illustri personaggi come Francesco Maturanzio, Marco Antonio Bartolini, Cristoforo Sassi, Orazio Cardaneti, Baldassarre Ansidei, anche se evidenzia come, a differenza di altri Atenei italiani ed europei, le correnti umanistico-rinascimentali non ebbero la meglio rispetto agli studi di giurisprudenza e al metodo bartoliano, su cui lo Studio perugino aveva costruito la sua fama nel Trecento. Questo permise a Perugia di rimanere anche nel XVI secolo uno dei centri di giurisprudenza per eccellenza, come testimoniano i celebri professori che la frequentarono all'epoca, e cioè, fra i tanti, Guglielmo Pontano, Giulio Oradini, Giovan Paolo Lancellotti. Tra le altre facoltà prese in esame, infine, l'a si sofferma su quella di medicina dove, pur sottolineandone il livello non eccelso, ricorda importanti ingegni, tra cui Girolamo Accoramboni, archiatra di vari papi, Gian Lorenzo Chirurghi, Lucalberto Podiani, Cibo da Fratta, Vincenzo Puzi e Angelo da Matelica.