Nacque a Senigallia nel 1551 da Aurelio Passeri ed Elisabetta Aldobrandini. Inviato a Roma, fu educato dagli zii materni Giovanni ed Ippolito, futuro Clemente VIII, che gli trasmisero il nome Aldobrandini.Nel 1573 frequentò lo Studium Perusinum, per poi addottorarsi a Padova nel 1578. Tornato a Roma, seguì lo zio Ippolito in Polonia e quando quest’ultimo venne eletto papa nel 1592, fu scelto come segretario di stato seppur affiancato dal cugino Pietro. Come quest’ultimo venne eletto cardinale nel settembre 1593. Tra il 1598 e il 1599 fu protagonista di aspri contrasti con il cugino che rientrarono solo con l’appoggio di entrambi alla nomina del nuovo pontefice Leone XI. Morì a Roma il primo giorno del 1610.