Nacque a Senigallia nel 1551 da Aurelio Passeri ed Elisabetta Aldobrandini. A 15 anni fu mandato a Roma dove fu educato dagli zii Giovanni ed Ippolito, futuro Clemente VIII che gli trasmisero il nome Aldobrandini.Nel 1573 frequentò lo Studium Perusinum, per poi addottorarsi a Padova nel 1578. Tornato a Roma, seguì lo zio Ippolito in Polonia e quando quest’ultimo venne eletto papa nel 1592, fu scelto come segretario di stato, seppur affiancato dal cugino Pietro. Eletto come quest’ultimo cardinale nel settembre 1593, gli fu affidato il governo di spoleto. Persa la sua autorevolezza all’interno della Curia per il carattere irrascibile, ma soprattutto perché Pietro seppe far valere il suo essere l’unico discendente diretto della famiglia Aldobrandini, tra il 1598 e il 1599, fu protagonista di aspri contrasti con il cugino e lo zio che rientrarono solo nel maggio del 1599. La pace si concretizzò con l’appoggio , assieme al cugino, alla nomina del nuovo pontefice Leone XI che lo nominò penitenziere maggiore. Morì a Roma il primo giorno del 1610. La sua abitazione fu per anni centro di un’Accademia letteraria e politica, nonché rifugio di tanti letterati e artisti come Torquato Tasso con il quale strinse un forte legame , tanto da sobbarcarsi le spese per l’edizione de ‘La Gerusalemme conquistata’.