Unico nipote maschio degli Aldobrandini fino al 1571 (quando nascerà Pietro), Cinzio nacque a Senigallia nel 1551 da Aurelio Passeri ed Elisabetta Aldobrandini. A 15 anni fu mandato a Roma dove fu educato dagli zii Giovanni ed Ippolito, futuro Clemente VIII, che gli trasmisero il nome Aldobrandini.Nel 1573, dopo aver iniziato la sua formazione presso il Collegio germanico di Roma, frequentò lo Studium Perusinum, per poi addottorarsi a Padova nel 1578, sotto il Pancirolo. Tornato a Roma, seguì lo zio Ippolito in Polonia e quando quest’ultimo venne eletto papa nel 1592, fu nominato referendario delle Due Segnature e scelto come segretario di stato, seppur affiancato dal cugino Pietro. Eletto, come quest’ultimo, cardinale nel settembre 1593, gli fu affidato il governo di spoleto. Filospagnolo e inizialmente favorito dal pontefice rispetto al cugino, successivamente perse la sua autorevolezza all’interno della Curia, un po’ per il suo carattere poco diplomatico e un po’ perché Pietro seppe far valere il suo essere l’unico discendente diretto della famiglia Aldobrandini. Sentitosi esautorato della sua autorità, tra il 1598 e il 1599, fu protagonista di aspri contrasti con il cugino e lo zio che rientrarono solo nel maggio del 1599, quando Cinzio tornò a Roma dopo una fuga che aveva preoccupato non poco il papa e tutta la famiglia. La pace si concretizzò con l’appoggio , assieme al cugino, alla nomina del nuovo pontefice nel 1605, ossia quando fu eletto Leone XI che lo nominò penitenziere maggiore. Morì a Roma il primo giorno del 1610, dopo che la sua abitazione fu, per anni, centro di un’Accademia letteraria e politica, nonché rifugio di tanti letterati e artisti come Torquato Tasso con il quale strinse un forte rapporto, tanto da sobbarcarsi le spese per l’edizione de ‘La Gerusalemme conquistata’ e permettendo all’autore di goderne gli utili. (cfr. “Quaderni per la storia dell’Università di Padova”, 21 (1988, ma 1990), p. 187)