Marchigiano, Niccolò di Tommaso Bonafede, nacque nel 1464 e dopo aver studiato nel collegio Capranica, figura soggiornare a Perugia per poi addottorarsi a Roma nel 1492. Per le sue doti politiche-diplomatiche Alessandro VI lo nominò suo familiare, protonotario apostolico e governatore di Tivoli, carica con la quale lottò con vigore contro gli Orsini, ribelli al papa. Dopo un breve soggiorno a Venezia, fu nominato governatore a Benevento (1499). La risolutezza con la quale esercitò il suo ruolo gli valse la nomina a commissario generale delle armi pontificie. Successivamente si distinse come governatore di Forlì e Perugia, fino a divenire nel 1503 governatore di Roma grazie alla nomina del nuovo pontefice Pio III. Morto precocemente quest’ultimo, Giulio II, oltre a confermarlo nella sua carica di governatore che gestì con grande energia e rigorosa imparzialità, lo elesse vescovo di Chiusi (1504). Notevole importanza il Bonafede ebbe anche nella riconquista di Bologna del 1506 e nella difesa di Modena del 1510. Costretto a lasciare Bologna con il ritorno dei Bentivoglio e dei francesi, dopo un periodo lontano dalle vicende politiche dell’epoca, nel 1519 Leone X lo nominò governatore delle Marche con il compito di aver la meglio dei signorotti locali e in particolare di Ludovico Euffreducci, signore di Fermo. Vinto questo nel 1520, fu chiamato a gestire la “questione perugina” e successivamente, il nuovo papa, Adriano VI l’incaricò di scacciare da Rimini Pandolfo Malatesta in modo da riportare la città sotto il dominio pontificio. Ritiratosi nel suntuoso palazzo rinascimentale che si era fatto costruire nella sua San Giusto, morì nel 1534.