Membro di una famiglia cattolica di mercanti e artigiani, nacque nel 1579 a Deventer dove ebbe una prima formazione umanistica, ma anche astronomica e astrologica. Con l’aggravarsi della situazione per i cattolici in città, fu inviato in Italia dove, dopo varie tappe, si fermò a Spoleto ospite della nobile famiglia dei conti Gelosi, nella cui dimora diede luogo al "Museum deauratum", sede di composizione di molte sue opere di carattere moralistico-letterario e medico-botanico. Iscritto all’Università di Perugia, durante il soggiorno spoletino si impose una rigorosa e metodica disciplina che lo portò a produrre diversi scritti di teologia, metafisica e logica e a conseguire il 5 agosto 1601 la laurea in medicina. Iniziato ad esercitare la professione, a Scandriglia, nel reatino, dovette affrontare una causa che gli venne intentata in seguito ad un suo violento contrasto con lo speziale del paese. L'episodio evidenzia l’avversione che si sviluppò contro l’olandese che praticava un tipo di medicina scientifica considerata probabilmente troppo all'avanguardia per quei tempi. Grazie all’interessamento della famiglia Cesi, e in particolare di Federico, gli fu pagata la cauzione e venne ospitato nel palazzo di famiglia. Tra i due così cominciò quel sodalizio che il 17 agosto 1603 portò insieme con Anastasio De Filiis e Antonio Stelluti alla fondazione dell'Accademia dei Lincei per la cui realizzazione ebbe un ruolo fondamentale. Accusati dal duca di Acquasparta, padre di Federico, “di pratiche magiche e di turpi rapporti”, Joannes venne bandito da Roma iniziando un lungo viaggio in varie città italiane e europee come è evidente in una lettera che inviò da Praga nel dicembre 1604. Annotò le sue scoperte in una serie di "taccuini di viaggio", quattro dei quali sono conservati alla biblioteca dell'école de médecine di Montpellier (Mss., H 505-508), mentre un altro fu acquistato nel 1975 dai Lincei in una vendita all'asta. Grazie all’opera di persuasione di Federico, potè tornare a Roma dopo aver scritto contro gli eretici, in modo da testimoniare la sua indiscussa fede cattolica. Compose così il De pravis nostri temporis haereticorum morbus, pervenuto in due redazioni entrambe conservate nella Biblioteca nazionale di Napoli (Mss. IX B 2; IV H 102). Prima di giungere a Roma sostò a Spoleto fermandosi poi in Umbria per alcuni mesi componendo opere di filosofia e di meccanica. A Gualdo il 23 ottobre cominciò a scrivere il Destructio scientiarum, Per maximum et minimum, Conservatio scientiarum, per medium (Archivio Linceo, 19, cc. 4r-25r). Raggiunta Roma nella primavera del 1606 e fatto cittadino romano grazie all’interesse del Cesi, due anni dopo era a Madrid. Probabilmente in preda ad una crisi nervosa si appartò sempre più tanto che, preso atto dell'alienazione mentale,nel 1616 i soci dell'Accademia decisero di sospenderlo da ogni attività.